15年前的一桩交通事故，令一个男人（黄秋生 饰）死于车底。他的头被卡在车身地下，身体却走了一段路后才倒下。这个恐怖的场面，被一个小女孩看到了，吓得目瞪口呆。

八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓 饰）与父亲黄麒英（刘询 饰）、十四姨（王静莹 饰）、徒弟梁宽（莫少聪 饰）、鬼脚七（熊欣欣 饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳 饰）、猪肉荣（郑则仕 饰）、牙擦苏（郭晋安 饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林 饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……

香港教师康森贵（黄百鸣 饰）前世是法力高强的“开心鬼”，凭着“开心鬼”的帮助，他拥有超乎常人的超能力。校长的女儿安妮（杨宝玲 饰）是康的女友，两人非常恩爱。一日，康班里的四名顽皮学生被捉弄流落到荒野，意外捡到了一套古代将军的盔甲，并将它带回了宿舍。这位古代将军的魂魄因为吸收了四人的阳气而成精，当他看到四名学生和康与她女友的合影时，前世的往事又涌上了心头，原来安妮的前世杀了将军，将军的精魂决心今世进行报复！

这是一部颠覆黄飞鸿传统形象的喜剧电影。话说黄飞鸿（谭咏麟 饰）从父亲那里继承了宝芝林的当家，成了一众徒弟的师傅。少年黄飞鸿其实不学无术，只会装装样子，混混日子。徒弟梁宽、牙擦苏等都十分着急，逼着他学武功。飞鸿对此却不以为然，总是得过且过。直到有一天，恶人石坚（梁家辉 饰）出现了。石坚不仅自己偷运鸦片，还利用十三姨（毛舜筠 饰）作人质逼飞鸿同流合污……