永远的“6时59分”开始了——

日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。

丹童子有马（寺岛拓笃 配音）是一名高中二年级的学生，看似沉默寡言严肃内向的他，其实有着一段不堪回首的过去。为了避免再伤害周围的人，有马选择了形单影只的孤独生活。某日，一位名叫蓝羽琉璃（中岛爱 配音）的少女带着执事镜诚（入野自由 配音）出现在了有马的面前，提出了希望利用有马身上“恶石”的力量。