古老帝国拉比达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。

故事以20世纪70年代日本静冈清水市为背景，这里生活着快乐而幸福的樱一家。樱桃子（小丸子）是家中最小的女儿，她贪玩懒惰，还迷迷糊糊，经常惹得妈妈和姐姐大发雷霆。不过身边有个没正形儿的父亲和溺爱她的爷爷，倒让小丸子的生活不致于太无聊。尤其是爷爷，祖孙俩在一起可没少闹笑话。

来自英国、中国、美国等五个国家的六个孩子来到了小丸子（Tarako 配音）的家乡清水市。来自意大利的安德烈（中川大志 Taishi Nakagawa 配音）暂住在了小丸子的家里。小丸子他们和外国小朋友们一起在学校里上课，还利用周末一起前往大阪和京都去旅行。一开始，小丸子因安德烈太过热情而感到困扰，但是知道了他来日本的理由后便开始和他和睦相处了。他们俩一起去逛了庙会，并许下了“希望能再次见面”的愿望。然而，这些快乐的日子即将过去，他们将要迎来离别之时。

工业文明的高度发展，却最终带来灾难，一场为期7天的虫族毁灭战争摧毁了人类文明。一千年后，工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个星球。带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的“腐海”森林，随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界。在一片腐海森林的旁边，居住着一群御风而行的人类。女主角娜乌茜卡和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀，过着平静祥和的生活。