柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。

尼路路星球人美儿（渡边菜生子 配音）和爷爷他们乘坐的太空船发生故障，落到了阿尔卑斯山脚下的一个小岛上，从此留下来生活。尼路路星球人把高档猫当成敌人，每天都在训练防止受到侵犯。活泼善良的美儿每天除了训练外，还和小鸟们玩耍每天都非常快乐。后来美儿和小伙伴们外出玩时，看到了一座漂亮的大房子里因哮喘病发作刚刚死去的玛利亚（安田亚希江 配音），美儿眼泪滴到了玛利亚的脸上救活了她（尼路路星球人少女的眼泪是生命之泉），从此成了好朋友。玛利亚从小就体弱多病，两岁时母亲去世，父亲工作太忙经常不在家，只有潘妮老师在家陪她，使她变得越来越孤独忧伤，活泼开朗的美儿的出现，会使玛利亚今后的生活发生哪些惊奇变化呢？

北岛玛雅（胜生真沙子 配音）是一个各方面看都很普通的少女，她家境贫穷，和母亲蜗居在店铺街的小二楼里。可是，一旦站到了舞台上，玛雅就会绽放出耀眼的光芒。无论什么样的剧本，只要看过一遍，就会牢牢记住其中的台词，拥有着这样能力的玛雅被当红明星月影千草（中西妙子 配音）相中了，玛雅加入了月影老师所在的月影剧团。初涉演艺界的玛雅获得了巨大的成功，同时也认识了另一剧团的樱小路优（三矢雄二 配音）。

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。