新的一年，小新一家决定离开生活了多年的地方，举家前往墨西哥。在新的国度，小新一家遇到了很多新奇的人和事，同时也遭遇到了仙人掌怪物的袭击，小新不得不肩负起了保卫家人的重担。

大崎娜娜（朴璐美 配音），心怀音乐梦的朋克女青年，曾在家乡和男友本城莲（木内秀信 配音）、好友高木泰（川原庆久 配音）、寺岛伸夫（关智一 配音）合组乐队Black Stones，后因莲被当红乐队Trapnest挖角到东京发展，二人被迫分手。时隔两年，娜娜也决定前往东京， 找来泰和伸夫重整Black Stones旗鼓，誓要和莲的Trapnest一拼高下。小松奈奈（KAORI 配音），永远沉浸在恋爱梦中的不靠谱小镇姑娘，因男友远藤章司（高桥广树 配音）到东京求学备受异地恋煎熬，而今终于有机会移居东京陪伴章司。两个名字发音同为“nana”的女孩相遇在去往东京的新干线上，又十分凑巧地看重同一间“707”号公寓，二人决定合租。

历经了千年的繁华，巍峨帝都早已从内部腐烂，拥有邪魔灵魂的统治者，正引领文明走向毁灭。为了解除村庄的困境，拥有绝赞剑术的少年塔兹米（齐藤壮马 配音）独闯帝都。此时帝都至高无上的皇帝还只是不谙世事的孩子，国家的实际操纵者大臣只手遮天，是帝都腐朽的根源。历经一波三折，塔兹米被曾经骗过自己的雷欧奈（浅川悠 配音）强行拉入一个神秘组织Night Raid。Night Raid是一支令帝都所有权贵富贾闻风丧胆的暗杀集团，他们是革命军下辖的秘密特殊部队，其最终目标是颠覆大臣的统治。在娜杰塔（水野理纱 配音）的领导下，赤瞳（雨宫天 配音）、雷欧奈等绝世高手云集其下。塔兹米的命运由此发生转折，而接二连三更大的纷争则将其引向未知的彼方……

炎炎夏日，出木杉君向朋友们讲述了《金银岛》的故事。大雄（大原惠美 配音）兴致盎然，又在胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）以及静香（嘉数由美 配音）面前吹嘘要找到海盗的宝藏。当然，最终他还是要依赖忠实的好朋友哆啦A梦（水田山葵 配音）。哆啦A梦拿出了秘密道具“金银岛地图”，大雄则极其巧合地在太平洋中心找到了一座藏有金银财宝的新的岛屿。在此之后，好伙伴们扬帆远航，一路朝着太平洋中心前行。当最初的快乐刺激过后，一群神秘海盗将众人拦了下来。经过一番混战，静香还被对方当成另外一个女孩抢走。与此同时，大雄等人则救下了来自那座岛屿的男孩弗洛克（山下大辉 配音）。

炎炎夏日，出木杉君向朋友们讲述了《金银岛》的故事。大雄（大原惠美 配音）兴致盎然，又在胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）以及静香（嘉数由美 配音）面前吹嘘要找到海盗的宝藏。当然，最终他还是要依赖忠实的好朋友哆啦A梦（水田山葵 配音）。哆啦A梦拿出了秘密道具“金银岛地图”，大雄则极其巧合地在太平洋中心找到了一座藏有金银财宝的新的岛屿。在此之后，好伙伴们扬帆远航，一路朝着太平洋中心前行。当最初的快乐刺激过后，一群神秘海盗将众人拦了下来。经过一番混战，静香还被对方当成另外一个女孩抢走。与此同时，大雄等人则救下了来自那座岛屿的男孩弗洛克（山下大辉 配音）。

海凪日和（久住琳 配音）的父亲永远的离开了她，而父亲传授下来的飞钓法却被日和牢牢的记在了心里，每当想念父亲时，日和都会独自来到海边，享受一个人的钓鱼时光。某日，日和在钓鱼的时候意外邂逅了天真烂漫的少女小春（日冈夏美 配音），两个女孩很快就熟络了起来，彼此成为了朋友。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

电击文库最畅销的轻小说《魔法禁书目录》曾在2008年10月由J.C.Staff改编成同名TV动画并大获好评，其外传《某科学的超电磁炮》也于09年10月改编成TV动画，相信不少观众早已拜倒在炮姐裙底的安全裤上。5月20日从日本著名的映像出版会社TSUTAYA传出了2010年秋天动画二期的图片。

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。 而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。 如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。 他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。 科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！