真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。

故事发生在一个与世隔绝的村庄——外场村。多年以来，村庄一直维持着最为古老的殡葬方式——土葬。这为一种名叫“尸鬼”的怪物的生成提供了得天独厚的良好环境。尸鬼，僵尸的一种，它们身强体壮但惧怕阳光，靠吸食人类血液为生，同时以将普通的人类变成尸鬼来扩充己方的实力，它们的目的只有一个，那就是彻底占领外场村。奇怪的事情在村子各处隐秘的发生着，谁也没有将它们联系到一起，当恐惧爆发的时候，一切都已经为时已晚。结城夏野（内山昂辉 配音）是第一个发现尸鬼存在的人，而当他被尸鬼攻击后，却变成尸鬼的亚种“人狼”，人狼除了身体素质强于常人外，与人类无异，因此，人狼成为了唯一能够和尸鬼抗衡的存在。