或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克（小栗旬 配音）却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马（三浦春马 配音）混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊……

一座平凡的高中内，不善与人交流的帅哥寺坂利太（山崎贤人 饰）超受女孩欢迎。不过在超爱幻想的女孩松崎羽鸟（桐谷美玲 饰）眼里，那些女孩都是形同杂鱼般的人物。小学时候，利太因为母亲与人私奔而受到欺负，这时候羽鸟出手相助，两人也因此成为好友。自信的羽鸟相信自己和利太就是命中注定的一对，谁曾想童话般的爱情故事居然朝着意想不到的方向展开。同班其貌不扬的女孩安达未帆（我妻三轮子 饰）被人欺负，利太出面帮助了她，两人竟由此成为男女朋友。眼看自己从女主角沦为杂鱼配角，羽鸟的内心产生前所未有的裂变……