1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。

作风粗暴的警官我妻谅介（北野武 饰）在警匪两界颇具名望，也因此结下不少仇家。在某次追查毒品贩子遇害事件时，顺藤摸瓜查到青年实业家仁藤（岸部一德 饰）为幕后指使。同时发现，其警局好友岩城（平泉城 饰）亦在毒品犯罪中占据重要位置。然调查才刚展开，岩城即被仁藤麾下杀手（白龙 饰）杀害，并伪装成自杀现场。

曾经潇洒快活的草帽海贼团，如今因为路飞的大胃口也过上了入不敷出的拮据日子。迫于生计，他们求助于酒吧老板。而老板则指引他们走入一条深不见底的隧道。为了糊口，众人不顾死活向洞穴深处走去。到了尽头，他们来到一个空间甚为开阔的场所，这里云集了无数的海盗团伙。原来，近期正要举行海盗大赛。所谓海盗大赛，是几年才会举行的海盗王者的航行比赛，优胜者将有丰厚的奖金，与之相伴则是莫大的生命危险。巨额的奖金让路飞等人忘记危险，他们毅然报名参加。本次比赛不仅有巨人族、鱼人族，还有头号种子选手——令人望而生畏的加斯帕迪。这势必是一场精彩刺激的海盗大对决……

某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。

卡里奥斯特罗，一个位于欧洲人口只有3500人的小国家，却是世界上最逼真的伪钞——山羊之钞的发源地。其伪钞之真，连鲁邦三世这样的大盗都险些被其蒙蔽。鲁邦和伙伴旅行至此，恰巧遇见正被一伙暴徒追赶的美丽少女克拉丽斯。鲁邦出手相救，却从少女遗留下的戒指上若有所悟。原来是多年前鲁邦曾来此寻找过山羊之钞的下落，并在此结识还是孩童的克拉丽斯及其身为大公的父亲。如今物是人非，七年前的一场大火烧毁了大公的城堡，克拉丽斯的父母皆在大火中身亡。孤苦伶仃的克拉丽斯无依无靠，而摄政王卡里奥斯特罗伯爵则逼迫少女与之成亲。鲁邦决定从伯爵手中救出女孩，同时探究戒指背后所隐藏的关于宝藏的秘密……