在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。

在医院工作的山际辰雄（染谷将太 饰）和悦子（夏帆 饰）是一对恩爱的小夫妻。近一段时间，辰雄时常望着窗外发愣，令妻子分外不安。与此同时，悦子所在的工厂同事浅川美雪（岸井雪乃 饰）出现异样，她声称总在家中看到男性幽灵，但那却是她在世的亲生父亲。悦子将美雪送到丈夫的医院检查，结果发现美雪完全丧失了“家人”的概念。在医院时，悦子还遇到了辰雄的好友真壁医生（东出昌大 饰），而对方给她留下了十分不好的感受。渐渐她发现，辰雄与真壁之间似乎有着某种联系，两人更秘密在进行着什么。

影片讲述生活在城市底层的男人们之间可悲又可笑的友情故事：山田孝之饰演的是一个身处艰辛世道却仍宁折不弯、一见到酒馆里大吵大嚷的年轻人就会发脾气的男人权藤右近。唯一与右近能相处得来的，是做着掘金工作、善良老实的牛山（荒川良良饰）。而右近的弟弟——身为商务精英的左近（佐藤健饰）则对两人虽收入甚微却自由自在的生活深感羡慕。

妙子（岸井雪乃 饰）和麻耶（安藤轮子 饰）是一对闺蜜好友。这一天，麻耶竟突然向妙子的父亲恭介（吹越满 饰）表白。妙子呆若木鸡，她的妈妈绿（石桥桂 饰）则一笑处之，全然不当回事。原来恭介此前已有一位交往多年的情人，为此夫妇的婚姻已经破灭。被和女儿同龄的女性喜欢，恭介难掩心中的喜悦。不过爱情的泥沼可不是轻易能涉足的，情人、女儿闺蜜、前妻以及他们各自的交往对象，全都卷入了乱局之中。

1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。