由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。

故事发生在一所初中内，西片（梶裕贵 配音）是一名平凡得不能再平凡的初中男生，性格和成绩都毫无亮点，唯一的过人之处，大概就是脾气要比一般人好得多。高木同学（高桥李依 配音）就坐在西片的旁边，让西片感到困扰的是，个性活泼开朗的高木同学，似乎总喜欢捉弄自己，并且乐在其中。