2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。

电影版非电视剧版的续作，而是讲述剧版世界的平行故事，新婚夫妇菜奈（原田知世 饰）和翔太（田中圭 饰）搬入公寓两年后，邀请邻居们参加他们在游轮上办的婚宴，不料在无处可逃的游轮上发生了连续杀人事件，每个人在试图解决案件时，却触发了意想不到的杀意……

懵懵懂懂的21世纪日本高中生三郎（小栗旬 饰），在意外穿越了时空后，居然来到了风起云涌的战国时代。不知为何和他长得一模一样的织田信长与之交换了身份，从此三郎便以一代霸主的尊荣行走战国。历经无数磨难，他逐渐取得家臣的信任和爱戴，而斋藤道三的女儿归蝶（柴崎幸 饰）似乎也对他用情更深。然而在得知自己死期临近之际，三郎内心倍受打击，历史看似无法逆转。与此同时，羽柴秀吉（山田孝之 饰）和真正的织田信长——明智光秀（小栗旬 饰）合谋，正准备断送第六天魔王的霸业。所谓的本能寺之变一天天临近，三郎的命运以及战国的命运到了最终决断的时刻……