在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。

故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。

TVアニメ『ファイ・ブレイン 〜神のパズル』

新宿歌舞伎町的民宿大厦——“流氓公寓”的山口组蜗居点。黑社会组织安生组的老大安生芳雄与情妇及一亿日圆现金失踪后，流氓公寓每天都有黑道人被杀。外界断定这是传说中的杀手“Ichi”所为。武斗派头目垣原（浅野忠信饰）于是开始疯狂寻找凶手。垣原是个极度被虐狂，视虐待成狂的老大如自己的神明一般，迷恋与崇拜他。垣原误信退役江湖老鬼阿叔，掳劫了敌对帮派头目，酷刑逼供，引起江湖风暴，令安生组进退失据。老大情妇Karen（孙佳君饰）与阿叔相熟，为讨好垣原以身犯险。Karen在阿叔帮助下，渐渐接近神秘杀手阿一……

炼金术，一种建立在等价交换原则基础上的科学，将物质进行理解、分解、再构造，将一种物品变成另外一种。但是，这样先进的技术却不能进行人体炼成，这是炼金术绝对的禁忌。可是，拥有极高炼金术天赋的爱德华（朴璐美 配音）和阿尔冯斯（钉宫理恵 配音）兄弟，因为对母亲极大的思念不惜触犯禁忌。而最终的代价却是，爱德华失去了一条手臂和一条腿，弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依附在一副巨大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩，为了恢复原状，寻求更多的炼金术知识，成为国家炼金术师踏上了寻找终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不断的探索中，两兄弟终于发现了贤者之石背后的真相，对身处的这个军事化国家也有了更深入的了解。此时，面对国家、民族、家庭……炼金术的未来究竟在何处。