喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……

美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。

自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。茵蒂克丝自称因拥有十万三千本魔导书而被魔法师追杀，而上条当麻靠自己的超能力也认定了少女的魔法。少女以危险为由离开上条家，上条如往日一般去学校学习，但放学回家，却发现茵蒂克丝倒在血泊之中。在科学与魔术交叉的世界中，上条当麻与茵蒂克丝的故事开始了。

故事发生在圣夜学院中，亚梦（伊藤加奈惠 配音）是校园里有名的“刺头”，因为她不仅外表凶狠凌厉，有时说话还十分毒舌。然而，这却并非真实的亚梦。亚梦其实十分胆小害羞，她不过是用强硬的外在作为伪装，将其变成能够自我保护的堡垒罢了。

獅子王凱是改造人，改造他的父亲獅子王麗雄在他体内放入了神奇的宝石Gストーン。獅子王凱地球的和平，和邪恶的ゾンダー展开了战斗。