从学校毕业之后，凉风青叶（高田忧希 配音）成为了充满希冀和干劲的职场新鲜人，尚在学生时代，青叶就十分憧憬一间名为“飞鹰跃动”的游戏公司，如今，青叶终于凭借着努力和实力，成为了公司中的一员，迈出了实现梦想的第一步。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

和泉（梅田修一朗 配音）是一个拥有不幸体质的男生，总是会莫名其妙的被卷入到各种各样的麻烦之中。虽然倒霉连连，但和泉性格乐观开朗，不管发生怎样的灾难，都不会唉声叹气。式守（大西沙织 配音）是和泉的女友，表面看来，式守温温柔柔，非常的容易相处，但一旦和泉遇到了什么麻烦事了，式守就会立刻改变往日的风格，露出让人意外的一面。