20世纪60年代，战后经历了大萧条和经济飞速的发展，日本全国上下涌动着一股躁动而狂热的气息。就在某一年的夏天，于时代似乎全然脱节的高中生西见薰默默地从横须贺转学来到了长崎县的一个普通小镇。他相貌俊朗，家境优渥，学业出众，并且弹得一手好琴，但是薰自幼无法与他人长久对视，否则就会心因性引起呕吐。在新的学校，他结识了开朗的班长迎律子及其青梅竹马——不良少年川渕千太郎。性格全然不同的三个青年男女，却因灵动自如的爵士乐走到了一起。爵士乐为他们的青春时代涂抹了浓厚而艳丽的色彩，也为少男少女们留下久久难忘的回忆……

在一个晴朗明媚的日子里，自称废柴的学生君逆回十六夜（浅沼晋太郎 配音）、温柔善良爱护小动物的春日部耀（中岛爱 配音）以及高傲自大的大小姐久远飞鸟（布里德卡特•塞拉•惠美 配音）各自收到一封邀请函，信中说道：“告知烦恼众多、拥有异能的少男少女，如果期望一试自己的才能，那么就抛弃世上的一切，到我等的‘箱庭’来”。原来他们三人均为拥有超能力的问题儿童。似乎接受了邀请，他们被抛入风景秀美的箱庭世界，并遇见说明人黑兔（野水伊织 配音）。十六夜他们得知，必须运用天赐的特异功能在箱庭进行难度不等的神魔游戏。不按常理出牌的主人公以及藏着无数秘密的箱庭，一切变得好玩起来……

战争之后，日本被分为南北两个部分。美军统治下的青森县，少年藤泽浩纪和白川拓也都喜欢同年级的同学泽度佐由理。他们的心中都有佐由理，还有那个东西——边境以北的津轻海峡，日本北海道联盟建立的高耸云端的“塔”。巨大而神秘的的塔，是三位少年少女的向往，他们约定，建造小型飞机，飞向 塔去一探究竟。

当一个人面临人生中的重要选择之时，头上便会竖起旗帜，而表面看似平凡的少年旗立飒太（逢坂良太 配音），却因为一场意外而获得了能够看见这些旗帜的特异功能。某日，飒太转入了世界闻名遐迩的贵族学校私立旗谷学园，在这里，会发生怎样有趣的故事呢？