距离暗杀杀老师（二宫和也 配音）的最后期限越来越近，一直潜伏在三年E班的秘密武器也终于出动。背负莫大仇恨的茅野枫（山本舞香 饰）露出了隐藏已久的触角，向杀老师展开绝命袭击。恰恰借助这一事件，杀老师讲述了自己和E班曾经的代课老师雪村亚久里（桐谷美玲 饰）一段永生难忘的渊源。围绕着暗杀行动是否进行，潮田渚（山田凉介 饰）、赤羽业（菅田将晖 饰）等人截然分成两派。他们一面希望令地球免于毁灭的 ，一面试图拯救杀老师的生命。与此同时，沉默已久的各国政府也开始酝酿最后的行动，而作为一切混乱的肇事者白先生（成宫宽贵 饰）亦将成为决定杀老师命运的重要存在。师生告别的时刻终将到来……

一座普通高中内，生活这一群平凡的女孩。貌不惊人的西原梓（石井杏奈 饰）小心翼翼和隶属拉拉队的同班同学搞好关系，只是因为不想重蹈当年被孤立的覆辙。这一日，她被体育老师叫到办公室，由于之前的缺勤导致学分不够，所以必须去参加某个舞蹈比赛补修学分。和她一起的还有性格阴郁的片濑爱海（小芝风花 饰）、家境平平的小泽叶月（小野花梨 饰）、只知道念书的岸本环（秋月三佳 饰）以及相貌凶恶的不良少女贵岛美香（上原实矩 饰）。偏偏担任教练的Kenny（冢本高史 饰）看起来又是一个不太靠谱的男人，因此这支街舞团成立之初可谓历经磨难。好不容易修够学分，不过女孩们似乎找到人生的方向，她们决定再努力拼搏一次……

名门高中椚椚丘中学的垫底班级3年E班，在新一学年迎来了一个奇怪的老师（二宫和也 配音）。这个老师长着圆圆的黄色大脑袋以及黏滑恶心的触角，原来他就是不久前将月亮炸成月牙的罪魁祸首。日本防务省特种部队的精英乌间惟臣（椎名桔平 饰）向学生们介绍了怪物的情况，他拥有20马赫的超快速度，人类寻常的武器对他完全不起作用。为了阻止怪物一年后摧毁地球的阴谋，人类必须想方设法除掉他。而怪物自告奋勇愿意出任3年E班的班主任，于是乎手无缚鸡之力的学生们担当起刺杀怪物的重任。此后，学生们接受了乌间的严格培训，而杀手比琪（知英 饰）、智能机器人自律思考固定炮台（桥本环奈 饰）、转学生堀部系成（加藤清史郎 饰）以及教官鹰冈明（高岛政伸 饰）等强大对手也相继来到这间暗杀教室内，搞怪的“杀老师”将面临永无止息的刺杀行动……

“如果凶案的凶手是我的高中同学……”