湖州商人范某携带妻儿催舟向姑苏城驶去，不料途中遭劫杀，抢走了赤金莲花杯，范的儿子范菊庵和船家小女杏妹被推入水中。菊庵凭借破船漂上岸，寻到了岳父家，侯鸣鹄一家将他收留。莲花杯落入凶残的知府虞维明的手中，当他得知菊庵仍活着，欲将其杀死，于是侯家夫妇被杀，他们的女儿梦卿被桔灯老人所救。10年后，梦卿得桔灯真传，练就了“水上飞”的高强武功，誓要为范、侯两家报仇。菊庵则在出逃后，改名陆天荣，经过苦读，金榜题名，任吴江知县，他希望梦卿能归顺朝廷，致使梦对他彻底失望。梦与雪园等人亲手报了家仇，远走他乡。而陆则万念俱灰，入寒山寺当了和尚。

清朝顺治十八年，天花在皇宫蔓延，顺治帝的董爱妃因此一命呜呼，顺治因痛不欲生而决意出家。此时，清帝国充满了内隐外忧。危急之际，孝庄太后（斯琴高娃 饰）当机立断，将得了天花初愈的年仅八岁的皇子玄烨力推为皇室继承人，康熙皇帝登基了。康熙（陈道明 饰）即位以后，手握兵权的鳌拜以权相逼，孝庄太后为了大局也只好暂时放权让鳌拜亲政。鳌拜的野心并不止亲政，他最终目标是图谋改朝换代，少年康熙机智过人，先以终日和一班少年嬉戏放松鳌拜警惕，随后邀约鳌拜进宫而乘机将其软禁，终于为大清除了一大隐患，保住了江山。随后，康熙更是励精图治，向隐忧以久的三藩开刀，开始一段除乱安内的康熙之治！